AFIR a preluat patrimoniul APDRP şi atribuţiile ce decurg din funcţia de monitorizare a Programului SAPARD, precum și atribuțiile de implementare tehnică, plată și monitorizare pentru Programul Național de Dezvoltare Rurală 2007 - 2013. Mai mult decât atât, AFIR va respecta criteriile de acreditare pe toată perioada pentru care i-a fost conferit managementul asistenţei prin deciziile Comisiei Europene.

Agenţia a continuat efectuarea plăţilor pentru proiectele contractate prin SAPARD, iar până în decembrie 2013 a monitorizat toate proiectele care au fost finanţate prin acest Program pentru a se asigura că beneficiarii respectă clauzele asumate prin contractele de finanţare.

Principalele direcţii de investiţii reprezintă o continuare firească a Programului SAPARD, dar și a PNDR 2007 - 2013.

În concordanţă cu celelalte componente de investiţii se finanţează atât activităţile de diversificare economică, turism, conservarea patrimoniului natural, cultural şi arhitectural, cât şi renovarea satelor.

                                       
O altă prioritate de finanţare este Axa LEADER care are drept obiective încurajarea inovaţiei în sectorul agricol şi forestier, folosirea resurselor naturale şi culturale într-un mod raţional şi îmbunătăţirea calităţii vieţii în zonele rurale.